Nous sommes en 2049, Tokyo est devenue la ville la plus dangereuse au monde. La criminalité dans les quartiers a engendré la résurgence de combattants de l’ombre : les Shinobi ! L’un d’entres eux, Jin, sauve un garçon du nom de Enh, qui possède un objet de grande va- leur extrêmement convoité. Afin de le protéger, Jin décide de l'intégrer dans son squad de combattants d'élites. Enh sera-t-il de taille pour relever les missions les plus périlleuses de Jin et ses hommes ?