Au lycée Hakoniwa, les élèves peuvent exprimer leurs préoccupations en les déposant dans une boîte à doléances: la Médaka-Box. Médaka Kurokami met un point d´honneur à les résoudre quelle que soit la difficulté.
Le stratagème de Najimi Ajimu visant à casser les liens d´amitié entre Médaka et Zenkichi a finalement marché. Ce dernier décide de devenir lui-même le «héros» de l´histoire pour avoir une chance de battre Médaka. Pendant que certains se rangent à ses côtés pour l´aider, Kumagawa crée, avec Kikaijima et les cinq candidates, une troisième force neutre.