Une fois le professeur Ochiai repoussé à grand peine, la grande armada de Sidonia a appareillé. Hélas, la seconde flotte d´assaut est pratiquement anéantie par une attaque gauna et Tsumugi portée disparue dans la bataille. Comble de malheur, des essaims s´approchent également de la première flotte d´assaut et de Sidonia. Nagate confie alors la défense du vaisseau à Norio avant de s´élancer à bord du dernier modèle de sentinelle, le Yukimori ! L´heure du combat final est arrivée !!