Suite au développement de l´émetteur de gravitons, l´amiral ordonne un assaut général sur le grand essaim. Mais c´est le moment précis que choisit Ochiai, le savant fou à l´origine de la plus grande catastrophe de Sidonia, pour transférer son esprit dans Kanata, un être hybride à la puissance démesurée.
Avec Nagate hors jeu et Kanata équipé d´un émetteur de gravitons en amnios, Ochiai a le champ libre. Une catastrophe sans précédent menace Sidonia !