Dans les profondeurs de Sidonia, le développement du nouvel hybride, Kanata, entre dans sa phase finale. Mais celui-ci, qui montrait déjà des signes d´instabilité, devient soudain incontrôlable et cause des ravages au sein du vaisseau.
La raison d´une telle dévastation : une nouvelle arme intégrée à son corps, l´émetteur de gravitons. Une arme à la puissance terrifiante, inventée plusieurs centaines d´années auparavant par le professeur Ochiai.