Tokyo est entièrement contrôlée par les plantes. Déterminé à se battre pour tenir la promesse qu´il a faite à Yui, Akira décide de retourner à la surface en compagnie d´Eudyptes pour aller chercher des armes. Accompagnés d´un petit groupe de survivants, ils profitent du fait que les plantes géantes ne sont pas actives la nuit pour se mettre en route... Mais un terrible danger les guette !