Tokyo, XXIe siècle. Pour enrayer le réchauffement climatique, les villes du monde entier sont sommées d´accélérer leurs politiques de reforestation urbaine.
Akira, un jeune lycéen, prend le métro tokyoïte pour retrouver Yui, l´amie à qui il n´a jamais su avouer ses sentiments. Mais suite à une soudaine coupure de courant, lui et d´autres passagers se retrouvent bloqués sous terre. Quand enfin Akira regagne la surface, le monde n´est plus le même : des plantes gigantesques se sont mises à attaquer les humains...